Náměstí, na kterém je Centrum U Bartoloměje vybudován, je pojmenováno po bohatém hornickém nákladníkovi Štěpánu Pirknerovi. Ten v roce 1324 založil špitál na Kohlmarce, který sloužil chudým. V roce 1833 však byl špitál prohlášen za nevyhovující a obyvatelé se přestěhovali do Nadačního domu měšťanů, což je dnešní Centrum U Bartoloměje.

Původně zde stál gotický kostel s věží sv. Bartoloměje. Kostel s typickým českým dvoulodím byl na nejvyšším místě královského města Kutná Hora. Kostel byl zbourán a budova Nadačního domu byla přistavěna k Bartolomějské věži, která zbyla jako torzo po zbouraném kostele. Odtud pak název centra.

Myšlenka opět obnovit v budově dnešního centra sociální instituci vznikla v roce 1979, zařízení bylo slavnostně otevřeno 1. 4. 1982. Ústav vznikl v té době jako experiment, který neměl obdoby ve Středočeském kraji. Zařízení bylo otevřeno jako týdenní ústav pro mentálně postižené klienty ve věku 3 až 26 let, nyní funguje jako denní a týdenní stacionář.
Zařízení zaznamenalo mnoho změn, v dubnu 1998 bylo rozšířen na 2 budovy. V bývalých jeslích na Masarykově ulici funguje domov pro ZP pro 18 klientů.